村木被告の指示を受けて証明書を作成したとされる当時の元係長・上村勉被告（４０）が証人として出廷し、「企画課長だった村木被告の顔は知っているが、仕事で話をしたことはない」「村木被告には証明書を渡していない」などと証言し、「証明書発行は村木被告の指示だった」とする検察側の主張を否定した。
公判では、村木被告に証明書発行を指示したとされる障害保健福祉部の塩田幸雄・元部長（５８）も「（指示の）記憶がない」と証言しており、検察側が描く事件の構図が揺らぐ形となった。
検察側によると、上村被告は２００４年５月中旬、自称障害者団体「凛(りん)の会」元会員の河野克史被告（６９）から証明書発行を催促され、発行手続きが進んでいるように見せかけるため偽の決裁書類を作成。６月上旬、村木被告に「決裁なんかいいんで、すぐに証明書を作ってください」と言われ、偽の証明書を作って村木被告に手渡したとされる。
この日、上村被告は、偽の証明書を作成した理由について「予算のことで頭がいっぱいで一刻も早く雑事を片づけたかった。偽の決裁書類を出した時点で、将来的には証明書も偽造しないといけないと追い込まれ、６月１日に偽造を最終決断した」と説明した。
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